重庆医科大学原名重庆医学院，成立于1956年，由上海第一医学院（现复旦大学医学院）分迁来渝组建而成。1985年更为现名。经过四十多年的发展，重庆医科大学已成为一所具有"学士-硕士-博士-博士后"完整人才培养体系，有国家、地方重点学科、重点实验室、研究所（室）等科研基地的地方重点大学。现有国家级重点学科1个，省级重点学科21个。它下属有重医附一院、重庆医附二院、附属儿童医院三所医院。

重庆医科大学附属第一医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健为一体的重点大型综合性教学医院，始建于1957年，于1994年2月成立重庆医科大学临床学院。医院占地面积190亩，建筑面积近23万平方米。医院开设临床科室32个，医技科室17个，拥有一大批德术并重的名医、专家、教授。医院能开展各种大型高难度手术，治疗各种疑难病症，开展了器官移植技术（肝脏移植、肾移植、角膜移植、甲状旁腺移植）、介入诊疗技术（如冠状动脉造影、支架术、经皮冠状动脉球囊扩张术、射频消融术、肿瘤介入治疗等）、各种微创手术等，在重庆地区有较大的影响力。

重庆医科大学第二临床学院（附属第二医院），是一所集医疗、教学、科研、预防保健为一体的现代化大型综合性教学医院。其前身为“宽仁医院”，始建于1892年。医院有教授、副教授224人，博士、硕士生导师共约100名，拥有价值近2亿元的现代化医疗仪器设备。现有54个临床、医技科室，53个专科专病门诊。临床学院下设临床医学系、影象医学系等。院内设有国家级临床药品研究基地、重庆市感染性疾病分子生物学重点实验室、重庆市生物医学工程重点实验室。传染病学为国家重点学科，另有重庆市重点学科11个，市级医学中心10余个。

重庆医科大学附属儿童医院（儿科学院、儿科研究所）于1956年由上海医学院儿科系全迁来渝创建，是国家级重点学科，国家三级甲等医院，重庆市涉外医院。为目前西部地区历史悠久、规模最大、技术力量最强、集医教研和预防保健为一体的综合性儿童专科医院。医院专业设置齐全，设13个临床医疗科室，26个临床亚专业，11个医技科室和12个专科技术中心。儿科医学研究所有10个研究室，中心实验室作为重庆市重点开放实验室面向全国开放。医院以儿研所为依托，加速科技发展，近10年承担国家、部省级课题近200项，获奖35项。