病毒性脑炎的预后与病变的范围和病情的轻重有关。脑部病变较局限且未侵犯"生命中枢"，病情较轻时，其预后往往良好。如昏迷持续时间较长，或有频繁惊厥时，脑部缺氧及病理变化加重，预后多较差，容易留有神经、精神的后遗症。某些病毒所致的脑炎预后较差，如西方马脑炎患儿常有后遗症，年龄愈小愈严重。5岁以下的东方马脑炎患儿多有后遗症，表现为精神迟钝、抽搐及瘫痪。麻疹脑炎和亚急性硬化性全脑炎患者的病死率均较高，单纯疱疹病毒脑炎患儿的病死率可达30％以上，约半数的存活者中有后遗症。胎儿经胎盘感染单纯疱疹病毒后可发生小脑畸形，积水性无脑畸形。巨细胞包涵体病毒和风疹病毒的先天性感染侵犯多种脏器，当侵犯脑组积时，其预后都比后天性脑炎为差。先天性巨细胞包涵体病毒所致的中枢神经系统感染，可引起大脑性瘫痪、小脑畸形、智力迟钝、运动障碍，偶见脑积水。先天性风疹脑炎患儿可发生小脑畸形、耳聋、甚至进行性精神及运动障碍。狂犬病毒脑炎的病死率最高，几乎为100％。

    淋巴细胞性脉络丛脑膜炎、传染性单核细胞增多症并发脑炎、埃可病毒脑炎、柯萨奇病毒脑炎、腮腺炎病毒脑炎患者的预后多较好，大多数患者能逐渐痊愈。某些埃可病毒脑炎及柯萨奇病毒脑炎患儿可出现肢体瘫痪，但很少留下后遗症，极少数腮腺炎脑炎患儿可有偏瘫，甚至出现脑疝而死亡。