溃疡性结肠炎的结肠黏膜的炎症改变与许多感染性腹泻者相似，某些病例粪便中可以培养出细菌，如链球菌等，部分病例应用抗菌药物治疗有效，因而有人认为本病与感染有关。但多年来反复研究皆未能直接找到感染微生物的根据，以可能的病原体如多种细菌、病毒、真菌等实验性移植也未获成功，故多认为感染不是溃疡性结肠炎的直接发病原因。