肛门直肠周围脓肿绝大多数属瘘管性脓肿，多为肛窦损伤，肛腺(内口)感染引起。一般手术切开引流后，由于内口感染病灶仍然存在，致感染物不断侵入内口，腔窦道，田此将后遗肛瘘，需再次手术才可能治愈。老年体弱，生理状况差及深部脓肿者，可考虑先切开排脓，待成瘘后再手术治疗。现在多倾向行瘘管性脓肿根治术，这是依据肛腺感染学说而设计的，即在切口排脓同时，处理感染肛腺(内口)，达到一次手术治愈的目的。该手术的关键是：正确寻找内口，彻底处理原发病灶及引流通畅。

    脓肿内口所在部位多有如下规律：肛门后侧脓肿，内口一般位于肛管后侧，约占肛门直肠周围脓肿总数60％；肛管前侧脓肿，内口多位于肛管前部；坐骨直肠窝，骨盆直肠间隙脓肿，内口主要位于后侧及左右两侧。内口寻找一般根据脓肿的部位深浅，以及指检，肛镜，染色，探针检查来确定(可参考肛瘘手术注意事项)。手术时切开内口，必须同时切开下面的腺管，并切除感染肛腺及周围组织。

    手术切口的选择：依脓肿深浅和大小而定，浅部脓肿可用放射状切口，深部脓肿及马蹄形脓肿应行弧状切口。其原则是既要清创彻底，引流充分通畅，又要使括约肌损伤最小。

    手术切口的缝合：在不影响内口引流通畅的前提下，应尽量全层缝合清创后的脓腔，以缩小创面，减少瘢痕，保护肛门功能，缩短愈合时间．弧形切口都可缝合，放射状切口远端可酌情缝合。

    挂线问题：视脓腔穿越括约肌深度来确定是否需要挂线。对于穿越深层外括约肌的高位脓肿，则需挂线以防止术后肛门括约肌闭锁功能受损。