引起习惯性流产的原因比较复杂，而且常为多种因素共同所致。
目前比较明确的病因有：1、遗传因素：约占习惯性流产的4.5%-25%，如胚胎染色体的异常，流产多发生在妊娠8周以内。2、内分泌因素：约占13%-20%，如卵巢黄体功能不全，亦早期流产的常见原因。3、生殖器官异常：约占12%-15%，如子宫发育不良，宫颈内口功能不全症等，多引起晚期流产。4、感染因素：占2%，如病毒或细菌感染，一方面可导致胚胎的发育异常，另一方面可引起生殖器官的炎症，不利于孕卵着床。
除此之外，还有40%左右的习惯性流产原因不明，其中免疫学因素是目前认为比较重要的原因之一。从免疫学的角度看，胎儿－胎盘单位含有来自父母双方的遗传基因，对母体来说它是一个半同种移植片。“胎儿同种移植”的成功即妊娠的成功，必须依赖阻止有害的母体免疫反应。同种异体的胎儿－胎盘单位不被排斥的机制目前认为主要有：1、母体对主要组织相容性抗原复合体（MHC），滋养层（TLX）及丈夫B淋巴细胞等产生封闭抗体，阻止致敏T细胞对胚胎的攻击；2、母－胎接触面的封闭因素：如封闭抗体及封闭因子；蜕膜细胞的免疫抑制；来自子宫的淋巴结免疫抑制；滋养层细胞抗原部位被遮盖等；3、母体内的各种免疫抑制因子的作用:如孕激素，绒毛膜促性腺激素，碱性磷酸酶，早孕因子，甲胎蛋白及淋巴因子等；4、胎儿的封闭因素；5、当以上的某个环节出现异常时，滋养层或胚胎受到免疫攻击，导致胚胎的死亡，妊娠的终止。因此按照免疫学的观点，流产也是一种免疫排斥反应，是同种移植物失败的结果。
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